Keretapi - Keretapi Kerajaan Melayu Bersekutu (KKMB) iaitu keretapi pertama menerusi Kerajaan Melayu Bersekutu (KMB) dari Prai ke Seremban sejauh 288 batu, telah dirasmikan pada Julai 1903. Wawasan dan objektif KMB adalah untuk mengadakan laluan terus ke utara sehingga ke penghujung Semenanjung. Singapura memulakan pembinaan sistem keretapi di pulau tersebut pada 1901. KMB meneruskan sambungan laluan tersebut di sektor selatan iaitu dari Seremban ke Tampin setelah mengenepikan cadangan asalnya iaitu laluan keretapi melalui Kuala Pilah dan seterusnya dari Tampin sehingga sempadan Johor, iaitu Kuala Gemas. Johor adalah Negeri Melayu Tidak Bersekutu. Perbincangan yang berlarutan dan sukar telah dilalui dalam usaha untuk membina sejauh 120 batu laluan keretapi di negeri tersebut. Masalah utama yang dialami ialah aspek kewangan.
Pada tahun 1899 Frank Swettenham telah mencadangkan laluan dibina oleh KMB dan Kerajaan Negeri dikehendaki membiayai faedah sebanyak dua peratus dari jumlah peruntukan tersebut. Tetapi cadangan tersebut ditolak. Pada tahun 1901, Pejabat Jajahan telah memaklumkan kepada Lembaga Penasihat Sultan di London untuk memberikan jawapan secepat mungkin. Lembaga Penasihat menyatakan bahawa setelah dibuat penelitian mereka tidak keberatan untuk memaklumkan kepada Sultan bahawa cadangan skim tersebut, walaupun liberal akan mendatangkan bebanan secara langsung kepada pendapatan awam yang akan ditanggung oleh Kerajaan Negeri. Kemudiannya, satu cadangan baru disertai dengan aturan kewangan yang berlainan dikemukakan.
Johor sememangnya berminat untuk mempunyai sistem keretapi malahan ia merupakan negeri pertama yang cuba untuk membina landasan keretapi sebelum Kerajaan Inggeris pada 1868. Ia merupakan landasan kayu sejauh 21 batu dari Johor Bahru ke Gunung Pulai, tetapi malangnya landasan tersebut dimakan oleh anai - anai. Selanjutnya pembinaan landasan besi sejauh 11 batu dimulakan pada November 1888 di Muar dan dibuka untuk trafik pada 11 Mac 1890 yang dikenali sebagai Keretapi Kerajaan Muar. Ia beroperasi antara Bandar Maharani di muara Sungai Muar dan Parit Jawa dan kemudiannya disambung sejauh tiga batu ke Sungai Pulai. Walaupun pada permulaannya ia berjalan lancar, tetapi dengan pembangunan sistem jalanraya dan terpaksa bersaing dengannya, telah menamatkan perkhidmatan keretapi pada tahun 1921. Satu lagi cadangan ialah pembinaan jalan keretapi sejauh 106 1/2 batu dari Johor Bharu ke Segamat telah dikemukakan oleh F. G. Slessor pada tahun 1892 dengan anggaran kos $3,692,000.00 tetapi tiada kemajuan yang dilaporkan.
Feri yang digunakan untuk membawa gerabak menyeberangi Selat Tebrau
Tiada syarikat swasta yang mahu tampil ke hadapan tanpa jaminan kukuh dari kerajaan. Walaupun terma yang ditawarkan oleh KMB adalah baik tetapi tidak dapat diterima oleh syarikat - syarikat tersebut. Dengan rasa kecewa Swettenham menulis kepada Pejabat Jajahan di London memohon mereka untuk merujuk kepada Artikel Tiga Perjanjian 1885 dengan Kerajaan Johor, di mana kerajaan Inggeris mempunyai hak untuk melantik seorang agen untuk menduduki dalam Mahkamah Sultan, dan dengan ini membuatkan negeri tersebut di bawah kawalan Inggeris seperti juga negeri - negeri yang lain. Pejabat Jajahan tidak setuju untuk menerima cadangan Swettenham. Rundingan diteruskan selama dua tahun lagi dan cadangan yang diubahsuai telah dikemukakan di mana Kerajaan Melayu Bersekutu akan mendahulukan peruntukkan sebanyak 1,250,000 pound dan Kerajaan Johor perlu membayar tiga peratus kadar faedah terhadap kos tersebut. Mereka juga boleh menerima dalam bentuk keuntungan yang diperolehi dari bahagian mereka dan jumlah tertentu yang diterima tersebut hendaklah ditolak dari peruntukkan yang didahulukan. Ini memberi kelebihan kepada KMB dalam pengawalan kerja – kerja pembinaan keretapi dan Kerajaan Johor pula mempunyai kawalan yang minimal. Swettenham telah mengemukakan cadangan ini kepada Sultan Ibrahim dan seterusnya Konvensyen Keretapi Johor telah dengan rasminya ditandatangani pada Julai 1904 di London. Adalah dipersetujui bahawa keretapi dibina oleh KMB di mana Kerajaan Johor perlu membayar faedah ke atas kos pembinaan tersebut. Keretapi tersebut dengan rasmi dimiliki oleh Kerajaan Johor, manakala Lembaga Kawalan bersama terdiri daripada pegawai - pegawai dari Johor dan KMB akan menguruskan operasi tersebut.
Kerja-kerja pembinaan Keretapi Negeri Johor bermula pada Mac 1904. Tanpa sistem jalanraya dan laluan menerusi hutan tropika yang tebal, telah menimbulkan kesukaran untuk kerja – kerja pembinaan. Stesen Gemas ke Segamat sejauh 16 batu 23 rantai telah dibuka kepada trafik pada 1 Mac 1908. Laluan sejauh 120 batu dan 72 rantai antara Gemas dan Johor Bharu akhirnya dibuka pada 1909. Jumlah perbelanjaan untuk pembinaan laluan ini ialah $11,606,850. Pada Mac 1909 satu perjanjian telah ditandatangani untuk membina terminal di Gemas untuk gunasama oleh Keretapi Kerajaan Johor (KKJ) dan KMB bagi tujuan penyelenggaraan dan Aturan Kerja. Dengan kehadiran KKJ jumlah panjang laluan yang dikendalikan oleh KMB adalah 469 batu.
Laporan Tahunan Keretapi Kerajaan Negeri Johor pada tahun 1909 telah menunjukkan akaun mengenai aset, operasi dan hasil - hasil Negeri Johor. Akaun kapital pada akhir tahun adalah $11,676,310.65. Jumlah pendapatan ialah $196,454 di mana hasil penumpang ialah $144,596 berbanding $51,858 dari perkhidmatan barang. Jumlah perbelanjaan ialah $78,406. Tahun tersebut mengalami kerugian sebanyak $15.449.
Sistem Keretapi pada masa itu mempunyai jumlah lokomotif dan stokeretanya sendiri dan sebahagiannya dijual kepada KMB. Pada akhir tahun 1909, ia mempunyai 12 lokomotif, 27 koc dan 344 gerabak.
Satu gerabak feri antara Johor dan Singapura telah mula beroperasi pada 1 Januari 1910. Kuda, kenderaan motokar, barang - barang dan binatang dibawa antara negeri - negeri tersebut. Feri tersebut adalah hak bersama Kerajaan Melayu Bersekutu, Keretapi Kerajaan Johor dan Keretapi Kerajaan Singapura. Jumlah muatan gerabak yang dibawa ke Singapura pada tahun 1910 adalah 479 dan 1,902. Satu feri penumpang juga beroperasi mulai 1 April 1903 antara Woodlands dan Johor Bharu apabila keretapi Singapura dan Kranji dibuka.
Mengikut Perjanjian Persefahaman pada konvensyen 1904, jumlah faedah yang dikenakan oleh KMB pada KKJ ke atas pinjaman untuk pembinaan keretapi berjumlah $1,278,386 pada akhir tahun 1910. Jumlah trafik meningkat tetapi pada tahun 1911 kerugian direkodkan sebanyak $6,863. Jumlah hutang Kerajaan Negeri kepada KMB adalah $11,168,578. Sistem Pengurusan Kewangan disemak semula dan perjanjian dibuat untuk menyewakan Keretapi Kerajaan Johor kepada KMR selama 21 tahun mulai Januari 1911 pada kadar sewa seperti berikut:-
Untuk setiap tahun dari 1912 – 1916 kadar sewa - $110,000
Untuk setiap tahun dari 1917 - 1921 kadar sewa - $220,000
Untuk setiap tahun dari 1921 - 1925 kadar sewa - $357,000
Untuk setiap tahun dari 1926 - 1932 kadar sewa - $470,000
Perjanjian ini juga Memerlukan Kerajaan Melayu Bersekutu untuk membeli dan mengambilalih koc, lokomotif dan lain –lain stokereta.
Pada tahun 1933 sewaan tersebut disambung lagi kepada 21 tahun dengan semakan semula terma dan syarat - syarat. Tetapi sebelum tempoh tersebut berakhir pada 1953, telah diganggu oleh perang dunia kedua dan selepas itu Johor telah menjadi sebahagian daripada Persekutuan Malaya dan Keretapi Tanah Melayu mengambil alih pengurusan menjadikannya satu entiti.